Программа развития Православной Гимназии в качестве одного из направлений своей социально-благотворительной и социально-просветительной деятельности включает в себя проект «Милосердие». Данный проект ориентирован на вовлечение в благотворительную деятельность учащейся молодежи не только Гимназии, но и старшеклассников других школ.
Одно из направлений этого проекта — курсы для старшеклассников Советского района «Основы медицинских знаний». Партнерами Гимназии в этой деятельности стали религиозная организация Православное Сестричество во имя княгини Елисаветы при приходе Всех Святых в земле Российской просиявших, отдел образования Администрации Советского района, Новосибирский медицинский колледж, четыре клиники и четырнадцать общеобразовательных школ Советского района.
Занятия на курсах ведут специалисты-медики Академгородка, среди них — врачи высокой квалификации, кандидаты медицинских наук, квалифицированные медицинские сестры. Социальное партнерство всех организаций-участников проекта получило признание Управления образования Администрации Новосибирской области: в 2003 г. Гимназии присвоен статус экспериментальной площадки, в 2004 году этот статус был продлен. В ноябре 2004 Православная Гимназия представила этот проект на конкурс социально-значимых проектов, который проходил в г. Перми и стала победителем этого конкурса. Еще одним признанием значимости данного проекта явилось его представление в качестве важной составляющей воспитательной системы Гимназии на Всесоюзном конкурсе «Лучшие школы России-2005».
